tchau,
Os codificadores funcionam exatamente como você escreveu, isto é, uma onda quadrada mais outra mudança de fase de 90 °.
Dentro do Master existe um algoritmo complexo que importa, entende a direção e elimina muitos tipos de erros.
Por exemplo, os dois sinais não podem mudar juntos, se eles fizerem isso é reconhecido como um erro e corrigido.
Aqui está uma explicação genérica sobre os codificadores:
https://www.phidgets.com/docs/Encoder_Primer
Aqui está a teoria do método (com uma tabela de estados), que usamos para corrigir erros:
https://www.edn.com/design/integrated-circuit-design/4363949/Decode-a-quadrature-encoder-in-software
Você pode encontrar os detalhes no firmware do Master, que você pode baixar aqui:
https://www.theremino.com/technical/schematics#masterv5